三個階段的無償分配比例不同：第一階段配額全部為免費分配，第二階段免費的比例為97%，
拍賣的比例為3%，第三階段免費分配的比例不超過90%而
拍賣的比例不低于10%。
分行業(yè)的配額分配方法：韓國的
碳配額分配方法有歷史法(祖父法)和基準線法兩種。第一階段23個行業(yè)中除了水泥、煉油和航空業(yè)使用基準線法外，其余均為歷史法。原計劃為第二階段開始逐漸增加基準線的行業(yè)，實際情況是暫未增加。
先期減排認證機制：控排企業(yè)先期獲得韓國本地認證的減排量可以用于抵消，但只限于第一交易期使用且不能超過3%。
抵消機制：控排企業(yè)可以將外部減排項目獲得的減排量用于企業(yè)碳排放的抵消，但不能超過排放總量的10%。同時，來自國外的減排權僅可以在第三階段以后使用，且占總抵消比例不超過50%(即總量的5%)
允許配額儲存和預借：企業(yè)可將排放配額儲存到階段內下一年度或是下一階段的首年使用，或是預借同一階段內其他年度的排放配額。其中儲存無上限，拆借只允許拆借該年度配額的10%。
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